頂土地廟是清朝官建之祠宇，原名為《總鎮署東轅門土地祠》。清乾隆 5 年(1740)總兵何勉捐資於總鎮署周圍興建土城，俗稱「大營盤城」，坐東北，面西南，東西開兩轅門，以清朝慣例文武衙門興建完成，並於其左興建土地祠，奉祀土地公並在每月朔望日(初一、十五)文武衙門行香祭，由本官祭之，為鎮轅境頂土地公廟之前身。
　　清朝聯境制度時本廟為官廟，甲午戰後，日本領台時本廟由官方管理改由民間管理時改廟名為《鎮轅境》，現本廟存有日本明治 42 年左右(1909)廟名匾一面做為歷史見證，台灣光復後，曾於民國 47 年全面整修，並於民國 82 年重建，廟分前後兩殿，前後兩殿所奉祀的神明完全相同，主祀福德正神，陪祀大聖爺公、臨水夫人，最特別的是，後殿的規模比前殿還大，為全台首見，除此之外，本廟建構雖小，卻擁有龍虎門、鐘鼓樓、龍御路石、龍柱，廟內彩繪、格扇透雕、金龍壁堵，一應俱全，規格遠遠超過一般的土地廟。
　　鎮轅境頂土地公廟之名稱由《總鎮署東轅門土地祠》，先改稱《鎮轅境福德祠》，最後為現今俗稱之《頂土地公廟》。而「境」，指的是土地的疆界，「聯境」則是指由若干境所結合成的組織系統，其最原始的目的，是為了團結民間的力量，維護地方的安全。鎮北坊乃清朝時軍事重鎮，軍營旁一定安設土地公廟，因頂土地公位於高地，所以稱「頂」，也因此地為轅門所在，故稱《鎮轅境》。
　　本廟屋脊燕尾，土地公戴宰相帽，有一說是總兵大人要拜土地公，而總兵大人官拜二品，那土地公便再高一階成為一品視同宰相。
　　野史曾記載有關清朝福福建提督王得祿(清朝時代台灣人從武官位階最大者)饒富趣味的民間傳說，相傳，當時王得祿的曾祖父王奇生時任浙江總兵銜，因調往台灣平朱一貴之亂緣故，遷移至當時台灣府（現今台南）的總爺街，而王得祿當時每天在總爺街的土地公廟無所事事。當時候，附近居民晚上時而見到土地公廟的供桌有一隻白虎，但當趨前一看時，便見王得祿睡在供桌下；因此有人認為王得祿是白虎星下降，而白虎星在傳說中是屬於武功高強的命輿星座，必有不凡的事蹟。
　　相傳有一天，土地公化身為一白衣男子，偷竊附近居民的家畜。引來大批居民的追進廟裡，但見王得祿一人臥於土地公廟的供桌下，在眾人誤會追逐下，王得祿被迫奔逃於北面城外。王得祿含怨離開府城來到諸羅，剛好清朝嘉慶皇帝遊台灣遇難，王得祿救駕有功，年僅 18 就任千總，屢建戰功，嘉慶 14 年，王得祿剿平橫行浙閩粵的海洋巨盜蔡牽之亂，晉封子爵太子太保淅閩水師提督。
　　王得祿衣錦榮歸，還記得在府城頂土地公廟被當作偷雞賊受逐之辱，打算拆除頂土地公廟洩憤，就在此時，頂土地公正殿樑上突然飄落一張紅紙，上面寫著：「激之成之」，王得祿這才領悟原來是土地公的激將法，於是息了拆除頂土地公廟的念頭，並奏請朝廷封敕，這也是頂土地公廟的廟脊有燕尾(「燕尾脊」在傳統建築中代表主人曾經中舉的官宅，或是宮廟才有此種型制)，頂土地公廟的土地公神像戴著相帽由來。今廟中尚有一圖描繪此情節。
　　本廟土地公塑像年代久遠，鬍鬚軟鬚較為少見，廟中石爐為道光年間之物，十分珍貴。本廟之齊天大聖神像十分特殊，其面容不是猴臉而是官臉，頂土地公廟一年 365 天都開廟門，開基神明在前，鎮殿三尊中間平視、左邊俯視、右邊仰視，象徵此廟土地公看管上中下三界，代表最高階廟宇。
　　本廟位於總爺古街，沿著崇安街走到和北華街７１巷交口處，就會看到《頂土地公廟》，當年的街坊功能、形式與風情依稀可見，是台南市目前保存較完整的老街之一。在清廷領台以後，府城內形成許多街坊，由於地形陵谷起伏，且常有盜賊入侵，街道多造成丁字形，工字形或階梯形，以阻擋，減緩敵人攻勢，並方便防禦自衛，總爺街便是此時期出現的重要街坊之一，兩端路口，各建一座土地公廟守護，形成典型的「路頭路尾土地公」傳統街坊形式。
　　根據當地耆老表示，此街因分岐出許多小巷，有如蜈蚣，屬「蜈蚣穴」，故昔日富商輩出，街道兩側店舖密集排列，《頂土地公廟》正處於蜈蚣頭上方，兩邊街道為蜈蚣之觸鬚，故此穴名為「百足含珠穴」，因此本廟地靈人傑，神威顯赫，信眾所求多能靈驗。